司法确认适用于工程款纠纷。
《中华人民共和国人民调解法》第三十三条，经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认，人民法院应当及时对调解协议进行审查，依法确认调解协议的效力。
人民法院依法确认调解协议有效，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请强制执行。
人民法院依法确认调解协议无效的，当事人可以通过人民调解方式变更原调解协议或者达成新的调解协议，也可以向人民法院提起诉讼。
《最高人民法院关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》第四条规定，有下列情形之一的，人民法院不予受理：
（一）不属于人民法院受理民事案件的范围或者不属于接受申请的人民法院管辖的；
（二）确认身份关系的；
（三）确认收养关系的；
（四）确认婚姻关系的。
工程款纠纷不属于上述法院不受理的范围，所以司法确认是否适用于工程款纠纷。
