国家级高新技术企业由科技部、财政部、税务局组成的全国高新技术企业认定管理工作领导小组认定。全国高新技术企业认定管理工作领导小组办公室设在科技部火炬高技术产业开发中心，由科技部、财政部、税务总局相关人员组成，负责处理日常工作。高新技术企业是指：在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。
《高新技术企业认定管理办法》第五条规定科技部、财政部、税务总局负责全国高新技术企业认定工作的指导、管理和监督。
第六条规定科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组（以下称“领导小组”），其主要职责为：
（一）确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告；
（二）协调、解决认定管理及相关政策落实中的重大问题；
（三）裁决高新技术企业认定管理事项中的重大争议，监督、检查各地区认定管理工作，对发现的问题指导整改。
