1、印花税
股权转让行为发生频率不高，不少纳税人尚不知道股权转让书据需要贴花。而实际上，印花税作为一种行为税，只要纳税人书立、领受《中华人民共和国印花税暂行条例》列举的应税凭证，就必须贴花。股权转让所立的书据便属于印花税征税税目。根据《中华人民共和国印花税暂行条例》附件规定，产权转移书据的税率为：按所载金额万分之五贴花。
2、个人所得税
不少纳税人、扣缴义务人对于股权转让环节可能涉及个人所得税纳税义务认识较为片面，以为只要自然人股东采取平价或低价形式转让股权，便没有所得，无须申报缴纳或扣缴个人所得税;甚至有的受让人不知道在向转让人(原自然人股东)支付股权转让款项时有扣缴其个人所得税的义务，从而给征纳双方增加不必要的成本、损失。现就相关政策作一梳理。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十二条规定，财产转让所得按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，作为应纳税所得额。就股权转让所得而言，其应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。自然人股东股权转让价是自然人股东就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，以其实际成交价为股权转让价。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上所注明的价格明显偏低或者无凭证的，由主管地方税务机关参照当地的市场价格核定。个人所得税法第五条第五项规定，财产转让所得适用百分之二十的比例税率。
另一方面，应注意平价、低价转让的税收政策。
国税函〔2009〕285号文件第四条第二款规定，对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：(一)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。(二)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。(三)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
3、企业所得税。
(1)收入。《中华人民共和国企业所得税法》(以下简称企业所得税法)第六条第三项规定，转让财产收入列入企业收入总额范围。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十六条规定，企业转让股权取得的收入属于转让财产收入。
(2)扣除。根据企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。就股权转让来说，股权计税成本及与股权转让相关的印花税等税费可以扣除。
(3)应纳税所得额。等于股权转让收入减去股权计税成本后的余额。
(4)税率：企业所得税法第四条规定，企业所得税的税率为25%。企业所得税法第四章第二十八条规定，符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税