一、被兼并方的股东的股份如何确定？
1、增资与股权转让
在开始合并之前，合并各方首先根据确定的标准评估各自的市场价值，明确各股东的股权比例。
各公司将未分配利润及部分资本公积、盈余公积转增公司注册资本。
这样合并之后根据工商行政管理机关的计算方法将会接近各方确定的股权比例，差额部分通过股东之间的股权转让进行调整，股权转让的价格可以是零元，也可以是各方确定的一致的价格。
2、以股份有限公司作为吸收合并的存续方
对于两个有限责任公司之间的合并，要想增加合并后企业的注册资本，并接近于各方均能接受的股权比例，可以先将拟存续的企业变更为股份有限公司。
有限责任公司变更为股份有限公司的，折合的实收股本总额将接近于公司的净资额。
然后，被吸收的公司的股东亦以公司净资产额来计算其在合并后的股份有限公司的股本数。股份比例如有差额，可以通过股份转让进行调整。
二、兼并、收购、合并的共同点在于：
1、它们的对象是共同的。它们都是企业产权交易的形式，其交易都是以企业这一商品为对象的。
2、这三种行为都是企业产权的有偿转让。就其活动而言，都是企业的买卖，所不同的只是买卖的方式而已。
3、它们都是企业在谋求自身发展中所采取的外部扩张战略。通过这种外部扩张战略，能加强企业的竞争能力，扩充经济实力，有利于企业不断改善经营管理，提高经济效益。
三、兼并、收购与合并作为不同形式的资本运营方式，各自又有不同的特点，它们之间的差别在于：
1、 创新合并中参与合并的企业法人资格都随着合并而消失，它通过另外组建一个新企业取得法人资格;吸收合并(兼并)中的承担债务式、购买式、吸收股份式兼并，被兼并企业放弃法人资格并转让产权，兼并方接收产权、义务和责任。可见，包含兼并的广义合并中参与合并的企业或被兼并企业就将丧失原有的法人资格;而收购中，被收购企业作为经济实体仍然存在，被收购方仍具有法人资格，收购方只是通过控股掌握了该公司的部分所有权和经营决策权。
2、 创新合并中新组建的企业形成后，参与企业的原法人资格全部消失，于是，原有企业的债务一并归于合并后的企业。承担债务式兼并中兼并企业将被兼并企业的债务及整体产权一并吸收，表现为以承担被兼并企业的债务来实现兼并。兼并行为的交易也是以债务和整体产权价值之比而定的;购买式兼并中兼并方在完成兼并的同时，需对其债务进行清偿;吸收股份式兼并被兼并企业所有者与兼并企业一起享有按股份分红权利和承担债务义务。这前二者兼并形式中，原所有者将原资产、债权、债务一并转移，兼并方成为企业资产的新所有者及债务承担者。吸收股份式兼并中被兼并方所有人将企业的净资产作为股金，成为兼并方的一个股东，而与兼并方共但债务。而收购中，兼并企业作为被兼并企业的新股东，对被兼并企业的原债务不负连带责任，其风险责任仅以控股出资的股金为限。
3、 收购与合并对债权人新担负的义务不同。当公司决定合并时，应立即编制资产负债表及财产目录，以明确其财产状况，提供给债权人查阅。所以，合并有保护债权人的程序和义务。合并中，依据有关规定的程序，经股东会的决议和资产负债的结算，必须征询债权人的异议，如声明债权人在一定期限内没有提出异议时，即为承认此合并案。可见，如果采取合并的方式取得某家企业的经营权，必须先取得该公司经营者的同意，经股东会议决定后才能达到目的。而收购在程序上就简单了，如果收购方想通过收购某家公司的股权而取得经营权，只要收购到目标公司一定比例的股权就可以达到目的。在程序上只要取得股权上的优势，再进行董事会、监事会改组即可。
4、在收购股权及资产方面，签订合约的对象虽然分别是股东和公司，但都只计算被收购企业或资产的价值。但在合并过程中，合并参与者若为股份公司，则通过股权交易，使原公司股东改持存续公司或新设立公司股票。这里需要先计算出各自的价值，经双方认同再计算出交换比率，然后才能进行合并。
综合上面所说的，企业与企业之间是可以进行兼并的，但在兼并的同时也是要保障到各企业股东之前的利益，而且在兼并了之后也要协商股东们的股权如何进行确定，不管是进行转让，还是进行续存，最主要的就是让自己的利益不受到损害。