1、罪与非罪的界限
本罪是一个选择性罪名，行为人只要实施组织、领导、参加恐怖组织行为之一的即构成本罪。司法实践中，对于参加恐怖组织罪而言，行为人必须明知是恐怖组织而自愿参加，方可构成本罪。也就是说，对于那些不明真相、受骗上当而参加恐怖组织，一经发觉就表示并实际上与其脱离关系的人，则不能认定其构成参加恐怖组织罪。但是，如果行为人最初因受骗而参加恐怖组织，后来明知恐怖组织的性质后仍然不退出，甚至积极进行恐怖活动的，则当然构成本罪。
2、本罪与组织、领导、参加黑社会性质组织罪的界限
组织、领导、参加黑社会性质组织罪，是指组织、领导、参加以暴力、胁迫或者其他手段，有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方，为非作恶，欺压、残害群众，严重破坏经济、社会生活秩序的黑社会性质的组织的行为。两罪在客观方面的行为方式非常相近，恐怖组织与黑社会性质组织都是犯罪组织，并且在人员构成、犯罪方式、活动形式等方面也非常相似。
但两者有着显著区别:
(1)类罪名不同。组织、领导、参加恐怖组织罪是危害公共安全的犯罪;而组织、领导、参加黑社会性质组织罪是破坏社会管理秩序的犯罪。
(2)组织、领导、参加的犯罪组织不同。恐怖组织一般政治色彩较浓，具有一定的政治目的;黑社会性质组织更多是为了追求非法的经济利益，主要构成对经济、社会生活秩序的严重破坏。