一、本罪与非罪的界限
认定本罪一看行为人的行为是否违反规章制度。如果行为人的行为是照章行事的，不违反规章制度，即使发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，也不构成犯罪。二看是否造成了严重后果。行为人虽然违反了规章制度，但未造成严重后果的，不构成犯罪。三看违章行为与严重后果之间是否有因果关系。即使在行为人的违章行为之后，发生了重大事故，但不是行为人的违章行为引起的，二者之间没有因果关系，不构成犯罪。四看行为人主观上有无过失。如果行为人主观上既无故意，又无过失，严重后果是由于不能预见或者不可抗拒的原因引起的，属于意外革件。
二、本罪与暴力危及飞行安全罪的界限
两者都是与飞行安全有关的犯罪，其主要区别在于：
(1)犯罪主体不同。重大飞行事故罪的犯罪主体是特殊主体，仅限于航空人员，暴力危及飞行安全罪的犯罪主体是一般主体，而且实践中一般为航空人员以外的人。
(2)犯罪客观方面不同。重大飞行事故罪表现为航空人员违反规章制度，发生重大飞行事故，造成严重后果的行为;暴力危及飞行安全罪则表现为对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的行为。
(3)构成犯罪的要求不同。重大飞行事故罪要求行为人实施违章行为之外，还必须发生特定的重大飞行事故或严重后果，方可构成犯罪;暴力危及飞行安全罪是危险犯，犯罪的成立并不要求出现实际的严重后果，只要对飞行中的航空器上的人员使用暴力，危及飞行安全的，即可构成犯罪，如果出现了实际的严重后果，则构成结果加重犯，在较重的量刑档次内裁量刑罚。
(4)犯罪主观方面不同。重大飞行事故罪是过失犯罪，在主观方面表现为过失;暴力危及飞行安全罪是故意犯罪，在主观上表现为故意。
三、本罪与过失损坏交通工具罪、过失损坏交通设施罪的界限
它们都是过失犯罪，都会造成一定的严重后果并以此作为构成犯罪的必备要件，它们的主要区别：
(1)犯罪主体不同。前者的犯罪主体是特殊主体，仅限于航空人员;后者的犯罪主体是一般主体。
(2)发生严重后果的原因不同。前者发生的原因是由于航空人员违反规章制度，实施了违章行为;后者发生的原因则是由于行为人实施了对交通工具、交通设施的损坏行为。司法实践中，航空人员在工作中过失损坏航空器的重要部件或机场重要设施，丛而发生重大飞行事故，造成严重后果的，应视行为人的过失损坏行为是否违反规章制度而定。如果违反了规章制度，则应是重大飞行事故罪;如果没有违反规章制度，则应定为过失损坏交通工罪或过失损坏交通设施罪。
四、本罪与重大责任事故罪的界限
两者都是过失犯罪，都实施了违反规章制度的行为，并且以发生重大事故，造成严重后果作为构成犯罪的必备条件。两主要区别在于：
(1)犯罪主体不同。尽管两者都是特殊主体，重大飞行事故罪的犯罪主体仅限于航空人员;重大责任事故罪的罪主体则只能是工厂、矿山、林场、建筑企业或其他企业、事业单位的职工以及群众合作经营组织或个体经营户的从业人员。
(2)发生的场合不同。重大飞行事故罪发生在航空器的飞行过程中，而重大责任事故罪则发生在生产、作业过程中。